Okulumuz MEB tarafından 1994 yılının Kasım ayında Eğitim-Öğretime açılmıştır. Okula aynı zamanda mahallenin ismi olan Sancaktepe İ.Ö.O. verilmiştir. Kurumumuz Kurucu Müdür V. Md. Yar. ,10 öğretmen ve 2 hizmetli olmak üzere 14 personelle eğitim-öğretime başlamıştır. Okulumuz 15 derslikle Normal öğretim olarak başlamış daha sonra derslik sayısının yetersiz olması sebebiyle 2005 yılında İkili Öğretime geçmiştir. Böylece 15 sabah 15 öğleci olmak üzere toplam 30 derslikle eğitim-öğretime devam edilmektedir. Okulumuzda şu ana kadar Kurucu Müdür Mehmet Değerli, İlhan Tekin, R. Coşkun Şahin, Bünyamin Demir, Merhum Atilla Nuhoğlu,Hasan CORUK ve Hacı KILIÇ Müdürlük yapmıştır.
2012-2013 yılından itibaren okulumuz, 4+4+4 eğitim sisteminin uygulanmaya başlanması ile, Sancaktepe İlkokulu ve Sancaktepe Ortaokulu olarak iki farklı okul olarak ayrılmış ancak aynı binada eğitim öğretim vermektedir. 2018 yılından itibaren ise İmam Hatip Ortaokulu da açılmış olup, mevcut durumda ilkokul 12 derslik, Ortaokul 7 derslik ve İmam Hatip Ortaokulu da 4 derslik olarak hizmet vermektedir. Ayrıca ilkokulda anasınıfı ve özel eğitim dersliği bulunurken, ortaokul kısmında da özel eğitim dersliği bulunmaktadır.